使用Pandas dataframe执行数千甚至数百万次计算仍然是一项挑战。你不能简单的将数据丢进去,编写Python for循环,然后希望在合理的时间内处理数据。 Pandas是为一次性处理整个行或列的矢量化操作而设计的,循环遍历每个单元格、行或列并不是它的设计用途。所
使用Pandas dataframe执行数千甚至数百万次计算仍然是一项挑战。你不能简单的将数据丢进去,编写Python for循环,然后希望在合理的时间内处理数据。
Pandas是为一次性处理整个行或列的矢量化操作而设计的,循环遍历每个单元格、行或列并不是它的设计用途。所以,在使用Pandas时,你应该考虑高度可并行化的矩阵运算。 在本文中,我们将使用经典的鸢尾花数据集。
现在让我们建立一个标准线,用Python for循环来测量我们的速度。我们将通过循环遍历每一行来设置要在数据集上执行的计算,然后测量整个操作的速度。这将为我们提供一个基准,以了解我们的新优化对我们有多大帮助。
在上面的代码中,我们创建了一个基本函数,它使用If-Else语句根据花瓣的长度选择花的类。我们编写了一个for循环,通过循环dataframe对每一行应用函数,然后测量循环的总时间。
在i7-8700k计算机上,循环运行5次平均需要0.01345秒。 我们可以做的最简单但非常有价值的加速是使用Pandas的内置 .iterrows() 函数。 在上一节中编写for循环时,我们使用了 range() 函数。然而,当我们在Python中对大范围的值进行循环时,生成器往往要快得多。 Pandas的 .iterrows() 函数在内部实现了一个生成器函数,该函数将在每次迭代中生成一行Dataframe。更准确地说,.iterrows() 为DataFrame中的每一行生成(index, Series)的对(元组)。这实际上与在原始Python中使用 enumerate() 之类的东西是一样的,但运行速度要快得多! 生成器(Generators) 生成器函数允许你声明一个行为类似迭代器的函数,也就是说,它可以在for循环中使用。这大大简化了代码,并且比简单的for循环更节省内存。
考虑这样一个例子,我们想把1到1000之间的所有数字加起来。下面代码的第一部分说明了如何使用for循环来实现这一点。 也就是说,如果你想多次迭代列表并且它足够小以适应内存,那么使用for循环和range函数会更好。这是因为每次访问list值时,生成器和xrange都会重新生成它们,而range是一个静态列表,并且内存中已存在整数以便快速访问。
下面我们修改了代码,使用.iterrows()代替常规的for循环。在我上一节测试所用的同一台机器上,平均运行时间为0.005892秒,速度提高了2.28倍!
使用.apply()
为我们提供此功能的Pandas功能是 .apply() 函数。apply()函数接受另一个函数作为输入,并沿着DataFrame的轴(行、列等)应用它。在传递函数的这种情况下,lambda通常可以方便地将所有内容打包在一起。
apply()之所以快得多,是因为它在内部尝试遍历Cython迭代器。如果你的函数针对Cython进行了优化,.apply()将使你的速度更快。额外的好处是,使用内置函数可以生成更干净、更可读的代码! 前面我们提到过,如果你正在使用一个为向量化操作设计的库,你应该总是在没有for循环的情况下寻找一种方法来进行任何计算。 类似地,以这种方式设计的许多库,包括Pandas,都将具有方便的内置函数,可以执行你正在寻找的精确计算,但速度更快。Pandas的 .cut() 函数将一组bin定义为输入,这些bin定义了If-Else的每个范围和一组标签。这与我们用 compute_class() 函数手动编写有完全相同的操作。 看下面的代码,看看.cut()是如何工作的。我们又一次得到了更干净、更可读的代码。最后,.cut()函数平均运行0.001423秒,比原来的for循环快了9.39倍!
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